第一，与一般高校相比，科研院所的录取率高，录取程序也更公正。"名校"之所以为大家所认可，固然与其自身严谨的治学之风和科研实力分不开，但同学们的口耳相传也不失为一个重要因素，而这正是各个科研院所所欠缺的，因为科研院所只进行研究生的培养。没有自己的本科生，使得科研院所的"名气"不大，每年报考的学生相对比较少，录取率更高没有自己的本科生，也使得科研院所在招生时，录取程序更为公正，不会出现一般高校招生中偏爱招收本校学生的情况。
第二，科研院所的培养侧重实践，实践经验更易提高。与一般高校的培养模式相比，科研院所在注重理论培养的同时，更加侧重实践操作。许多科研院所在进行研究生培养时，主要以承接项目的形式来进行培养，使学生能直接参与到项目中，锻炼学生的动手实践能力。
第三，研究生待遇高。由于科研院所培养学生的经费大多是来自于所承接的项目，所以学生在读研期间相对于"半工半读"，除了获得一些生活补贴之外，导师额外还会有许多补贴。有些科研院所，如电信科学技术研究院事实上就是大唐集团的前身，在这些科研院所读研，就相当于已经在企业中开始从事研发工作了，生活待遇和补贴自然也就比一般高校高了。
第四，有实力的独立院所一般都有相当数量的博士点和博士后流动站，如果有继续深造的打算，在研究所里一口气读完也不难，还可以留下继续做博士后研究。独立院所在实施硕博连读制度、提前攻博制度上相比高校也更加灵活，他们通常会鼓励部分优秀的硕士过以上方式直接转为攻读博士学位。
第五，作为以科研为主的单位，许多独立院所并没有专门的教育经费，培养研究生的很多费用是由项目课题组和导师来承担的。因此，学生也主要过参与各种科研项目在实践中进行学习。在研究院所里，科研项目一般来说是充足的，学生的实践机会以及从中挖掘选题发表论文，甚至与项目组共同发表论文的机会也就相应多一些。
第六，独立研究院所是行业中的科研单位，研究人员和行业圈子的联系和交流是广泛而密切的，在这里学习，就相当于一伸手就可以触摸到本行业的第一线，这对于积累行业人脉资源、增加实践经验和就业机会都是大有帮助的。
第七，研究院所能力图站在本行业科研领域的最前沿，它们与国外相关机构的学术交流和业务联系很紧密，许多导师也具有海外留学背景，这些条件可以为研究生提供许多参加国际会议和学术交流的机会，同时，还可以向学生提供或者帮助联系出国留学的就会。
第八，在留校问题上，在高校里，门槛已经相当高了，不过在一些独立院所，因为实力、牌子、生源、宣传以及单位本身的行业性质等各种原因，硕士生还是有可能留下来做科研的，甚至可以拿到千金难求的一线城市户口。
第九，独立研究院所是以科研工作为重要的单位，各种科研项目是它们的组成细胞，研究人员基本上以申请和开展科研项目、争取科研经费和发表科研成果为主要工作，凭借实力，他们拥有不少行业内的顶尖科研项目和重点项目。
