阿尔托大学的创办与芬兰推行的高等教育改革、尤其是高等院校结构重组密切相关。该大学的一项目标是：到2020年，在其重点发展的学科领域内成为世界上领先的研究及教学机构之一。
2005年秋天，时任赫尔辛基艺术设计大学校长于尔约·索塔马最早提出了关于“创新大学”的构想。
2007年，首都地区内三所大学的合并计划启动，并成为芬兰高等教育改革进程中的一项重要举措。
2008年6月25日，阿尔托大学基金会宪章签订。8月15日，阿尔托大学基金会董事会成立，共有7名成员。其中，通力集团(Kone)总裁马蒂·阿拉胡赫塔（Matti Alahuhta）和欧洲科学基金会CEO玛丽亚·马卡罗夫（Marja Makarow）分别担任董事长和副董事长。12月19日，董事会提名现任瑞典皇家工学院副校长的芬兰人图拉·泰里为阿尔托大学首任校长，任期从2009年4月1日开始，为期5年。
阿尔托大学是一所基于基金会的大学。基金会在2010年之前筹集7亿欧元的资金；其中5亿来自芬兰政府，2亿由芬兰工商联合会协调、向工商界筹集。
合校计划启动初期，筹办方曾先后使用过“创新大学”（Innovaatioyliopisto）和“顶级大学”（Huippuyliopisto）这两个临时名称来指代筹办中的新大学。2008年3月，筹办方向公众征集大学命名方案。5月底，官方正式将新大学定名为“阿尔托大学”。这一名字是为了纪念芬兰著名建筑师阿尔瓦尔·阿尔托。
赫尔辛基理工大学校园内的许多建筑即为阿尔瓦尔·阿尔托的作品。
阿尔托大学被称为芬兰大学改革的试验田，其目标是通过资源整合，将阿尔托大学打造成一所具有世界高水平的科技、商业与工业艺术设计的新型大学。其目标是到2020年，在其重点发展的学科领域内成为世界上领先的研究及教学机构之一，并跻身世界最顶尖大学行列。
