环境科学与工程学院是三校合并后于2000年9月7日由华中理工大学环境科学与工程系、土木工程系暖通空调专业、武汉城市建设学院环境工程系和同济医科大学环境医学研究所（虚体）组建成立。武汉城市建设学院环境工程系前身是武汉建材工业学院给排水工程专业，创建于1952年。1960年转为本科，1971年10月与北京建材工业学院合并后改名为湖北建筑工业学院建工系，后更名为武汉建材工业学院建筑工程系。1979年被授予市政工程硕士点。1983年新建武汉城市建设学院后，定名为环境工程系。在给排水专业本科和市政工程硕士点基础上，1985年开设环境工程专业，1987年开设城市燃气专业，1993年开设暖通空调工程专业。华中理工大学环境科学与工程系1996年开设环境工程硕士点，土木工程系1997年开设供热通风与空调工程专业和供热供燃气通风与空调工程硕士点。
