1810年柏林大学创校，到第二次世界大战结束为止，柏林原本只有一个“柏林大学”，而大学师生也很骄傲地以拉丁文校名「Alma mater berolinensis」自称。冷战期间，柏林大学被划入东柏林境内，部分师生从原校出走，并在美英等西方阵营的支持下，1948年于西柏林成立了“自由的柏林大学”（即今柏林自由大学），成为西德学术重镇。 「真理、公平、自由」（Veritas - Iustitia - Libertas. ）是柏林自由大学建校以来的校训。柏林大学分裂之后，位于东柏林的原址校区则于1949年改名为现今的柏林洪堡大学，以纪念大学创办人、德国著名教育改革家威廉·冯·洪堡兄弟。
在华文世界中，“柏林大学”一词在1948年之前专指今天的柏林洪堡大学（例如小说围城中所称的柏林大学）。冷战结束前，“柏林大学”则普遍又指的是柏林自由大学。这两所“柏林大学”如今是各自独立的大学，但由于政府预算吃紧，两所“柏林大学”逐渐开始在较多领域合作、合并，两校的医学院就于2003年合并成柏林大学夏丽特医学院（Charité - Universitätsmedizin Berlin）。
