中科大是安徽综合声誉最高的学校，其次是合肥工业大学，是毫无异议的！
中科大安徽第一自然不用多说了，科大每年出国了25%，读研75%！国家重点学科45个，院士37人，国家实验室2个（整个中国只有中科大有两个国家实验室），重点实验室2个，工程实验室1个，协同创新中心： 量子信息与量子科技前沿创新中心（全国14个协同创新中心之一）。
在影响力、公信度较高的国际大学排名榜中，中国科大一直名列国内高校前列。在英国《泰晤士报高等教育副刊》世界大学排行榜中，2010年中国科大名列全球第49位，中国大陆高校第二位；2011年名列全球第192位，中国大陆高校第3名；2012年名列全球第201-225名，中国大陆高校第3名。
合肥工业大学以工科见长，1964年就是教育部直属，211工程，985优势学科平台。除中科大外，从本科生入学成绩、本校师资、入学分数、科研经费、办学硬件条件、博士点/硕士点数目、国家级和省级重点学科数量、SCI/EI/ESTP/CSSCI 等论文质量和数量、获得国家自然基金等科研项目数量等综合来看，合肥工业大学是最好的，全国综合排名64位。
安大文科和理科实力还算可以，但就业、科研方面相比科大和工大，还是有一定差距的。
全国排名（2013年中国校友会排名）
10 中国科技大学 理工
65 合肥工业大学 理工
91 安徽大学 综合
128 安徽师范大学 师范
161 安徽医科大学 医药
185 安徽农业大学 农林
222 安徽理工大学 理工
254 安徽工业大学 理工
303 安徽财经大学 财经
327 安徽中医学院 医药
360 安徽建筑工业学院 理工
364 淮北师范大学 师范
377 安徽工程大学 理工
399 安庆师范学院 师范
399 蚌埠医学院 医药
399 阜阳师范学院 师范
416 皖南医学院 医药
453 合肥师范学院 师范
453 皖西学院 师范
511 合肥学院 理工
511 铜陵学院 财经
546 安徽科技学院 师范
546 淮南师范学院 师范
546 宿州学院 师范
590 巢湖学院 师范
590 池州学院 综合
590 滁州学院 师范
590 黄山学院 综合
654 蚌埠学院 理工
以上为安徽省部分本科院校的排名，仅代表综合排名，不能代表各专业的强弱排名；
单纯的说某校一定更好、某校更差的说法是很不科学的，学校实力差别不很大的情况下，每所学校都有更擅长的学科、优势、特色，即便学校总体上逊色些，也可能在某些领域的积淀和影响更好些
所谓的院校排名是针对学校总体实力的排名，对选择具体专业或方向的考生而言意义不大，除非你指想炫耀自己毕业学校的知名度更高！这些排名极易对考生产生误导，一般是对教育不大知情者才热衷于此，这是很多教育专家极力反对的！因为每所高校都有自己的优势学科，某些院校的综合排名虽然低点，但单个学科上的实力、师资和地位可能非常拔尖，在业内领域具有很高认可度。
建议在选择学校和专业的时候结合个人理想、爱好，综合考虑学校学科师资、办学历史、省部级和国家级重点学科设置情况、教师论文和科研项目情况、毕业生就业质量和社会声誉等综合考虑，理性判断和选择学校及专业
安徽省内本科高校按照学校强弱和知名度，依次是：
中国科学技术大学（中科院直属，C9高校，211、985工程）
合肥工业大学（教育部直属，211工程，985优势学科平台）
安徽大学（安徽省教育厅直属，211工程）
中科大优势学科：
哲学、数学、物理学、化学、天文学、地质学、地球物理学、生物学、生态学、科学技术史、统计学、力学、仪器科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、核科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、软件工程、安全科学与工程、管理科学与工程、工商管理、公共管理。
合肥工业大学优势学科：
机械工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、电气工程、食品科学与工程、管理科学与工程、地质学、计算机科学与技术、信息与通信工程、土木工程、工商管理
安徽大学优势学科：
电子科学技术、法学、中国语言文学、历史学、数学、化学、材料科学与工程、计算机科学与技术、统计学
