1886年的《中学校令》调整中学学制为七年，分为五、二两段。五年制中学称寻常中学，由地方设置和管理，属普通教育学校“二年制高等中学是第二段，属大学预科性质，全国只设5所，由文部省大臣直接管辖。中学课程设置的特点是重视科学基础知识和外国语的教学，不仅门类多，而且内容颇深。中学还实行严格的考试制度，以保证学习的质量。高等中学是分科设置的，一般有文、法、理、医、农、商等科，进行专科教育。
1891年开始，政府把力量转到中等教育上。因为公立初等教育已培养出大批毕业生，他们要求接受中等教育，于是政府设立了一些公立中学。到20世纪初，日本中等学校有了较快的发展。
