南京大学的生物学和数学也都是不错的，都是一级学科国家重点学科，均建有国家理科人才培养基地。生物学还建有一个国家重点实验室。
但是南京大学本身就是以理科著称的，所拥有的理科都很强大，这其中最强的当属：物理学、天文学、大气科学、地质学、化学。这五大理科在国内高校中均位居前三甲，其中物理学、天文学、大气科学在教育部学位中心学科评估中位居全国第一，地质学名列全国第二，化学名列全国第三。
南京大学的科研实力分布，从985工程二期的科技创新重点平台可以管窥，南大在985二期时建有10个科技创新重点平台：
1、物质科学
2、地球圈层与环境
3、分子代谢
4、普适计算软件新技术
5、高能天体物理和空间天文
6、声学与声信息处理
7、理论与科学计算
8、城市化与城市科学
9、隐身技术
10、公共卫生
其中前3个为I类科技创新重点平台，包括：物质科学、地球圈层与环境、分子代谢。
其中物质科学学科群包含：物理学、化学、材料学、电子科学与技术；
地球圈层与环境学科群包含：地质学、地理学、环境科学、大气科学、天文学；
分子代谢学科群包括：化学、生物学、医学。
这可以算是代表南大科研实力的三大王牌“集团军”了。
在国家重点实验室方面，南大共有7个国家重点实验室：在物理学、地质学、生物学、计算机科学、环境科学等领域各建有1个国家重点实验室，在化学领域建有2个国家重点实验室。
其中，南大整合物理学、化学、材料科学与工程、电子科学与技术的学科力量，筹建了1个国家实验室：南京微结构国家实验室。南大还将在十二五时期，筹建地球科学与环境国家科学中心，筹建生命医学国家基础研究条件平台。
另外，南大目前所拥有的在校全职两院院士人数位居国内高校前三，在校长江学者人数位居国内高校前五，在校全职国家杰青人数也位居国内高校前三。
以上便是南大在自然科学领域的基本指标了。
