北京交通大学科研力量雄厚，产学研合作日益增强。学校的科学研究领域不断拓宽，在科研及产业化方面均取得了可喜成绩。学校现有38个研究所和研究中心及41个实验室；拥有教学、科研仪器设备固定资产5.23亿元。学校图书馆藏书138.6万册，有缩微、声像、光盘等各种影像、电子图书资料33万册，有中文数据库18种22个，西文数据库22种33个，网络资源等累计195万余册，学位论文全文118万余篇。建成铁路交通运输特色数据库，有设备完善和技术先进的电子阅览室和音像室。
国家（级）重点实验室（研究机构）（10个）
轨道交通控制与安全国家重点实验室
下一代互联网互联设备国家工程实验室
高速铁路系统试验国家工程实验室
轨道交通运行控制系统国家工程研究中心
风力发电国家工程技术研究中心北京分中心
电磁兼容国家认证实验室（3C认证）
结构强度检测国家认证实验室（3C认证）
网络管理国家认证实验室（3C认证）
国家大学科技园
国家软件示范学院
省部级重点实验室（24个）
全光网络与现代通信网教育部重点实验室
发光与光信息技术教育部重点实验室
城市交通复杂系统理论与技术教育部重点实验室
载运工具先进制造与测控技术教育部重点实验室（军工）
城市地下工程教育部重点实验室
隧道与地下工程教育部工程研究中心
电力牵引教育部工程研究中心
高速铁路网络管理教育部工程研究中心
轨道车辆结构可靠性与运用检测技术教育部工程研究中心
城市轨道交通CBTC系统北京市高等学校工程研究中心
教育部行业特色研究型大学发展战略研究中心（教育部战略研究基地）
铁路基础数据整合及信息服务平台（教育部科技基础资源数据平台）
城市轨道交通自动化与控制北京市重点实验室
现代信息科学与网络技术北京市重点实验室
物流管理与技术北京市重点实验室
通信与信息系统北京市重点实验室
运输自动化与通信铁道部重点实验室
铁路信息科学与工程铁道部重点实验室
信息存储、显示与材料铁道部重点实验室
光纤技术及铁路应用铁道部重点实验室
交通运输智能技术与系统铁道部重点实验室
北京交通发展研究基地(北京市教委、市哲社办)
首都大学生思想政治教育研究中心(北京市委教育工委、北京市教委)
城市交通北京技术转移中心(北京市教委、市工促局)
国家权威研究（院）中心（4个）
中国产业安全研究中心
中国兼并重组研究中心
中国企业竞争力研究中心
中国交通运输价格研究中心
中国现代轨道交通科学与技术研究院
下设五个研究中心：
中国高速铁路研究中心
中国城市轨道交通研究中心
中国磁悬浮研究中心
中国管轨交通研究中心
中国综合交通研究中心
教育部创新团队（3个）
未来互联网络体系研究教育部创新团队
列车运行组织及控制的基础理论与方法教育部创新团队
面向高速铁路控制的无线移动通信系统研究教育部创新团队
学校承担了包括国家高新技术“863”计划、国家发改委、科技部科技支撑项目、国家自然科学基金及国家社科基金项目在内的各类科研课题4000余项。2006年以来3项主持项目获国家“973”立项。2008年1项主持项目获国家社科基金重大项目立项。2009年“双主持”项目“复杂与高速条件下车载信号安全控制系统关键技术及应用”获国家科技进步奖二等奖。学校建立了GSM-R技术实验室，主要进行中国铁路新一代移动通信的调度指挥和无线传输等，研究成果应用于大秦线、胶济线与青藏铁路，填补了中国铁路无线通信技术的空白。“基于通信的列车运行控制系统（CBTC）”取得关键技术研究的突破，具有完全自主知识产权，并将用于亦庄城轨线。2006年，该校“大城市交通拥堵瓶颈的基础科学问题研究”、“一体化可信网络与普式服务体系下的基础理论研究”两项主持项目获国家“973”项目立项。以我校土建学院张顶立教授为首席科学家组织申报的国家重点基础研究发展计划（“973”计划）项目《城市地下工程安全性的基础理论研究》经过函评、复评、综合评审等三轮专家评审后获得批准立项，于2010年1月正式启动。
学校注重发挥铁路科研的优势和特色，坚持围绕铁路现代化建设及跨越式发展需要开展科技工作。学校承担的科研项目在铁路系统所占的份额一直保持着全国高校的领先位置。在国家“十五”重大工程----青藏铁路建设、高速铁路建设、全国铁路六次大提速等相关科研工作中做出了重要贡献，包括“青藏铁路通讯信号方案”、“青藏铁路特殊运输组织模式研究”、青藏铁路信息化规划、建设管理信息系统和“机车随车牵引实验系统装置”等科研项目；研制的微机联锁系统、机车主体化信号设备等在中国铁路推广，为确保铁路行车安全和提高效率提供强有力技术保障。全面参与高速铁路建设工作，组织校内相关学院20多名教授全程参与高速铁路六大系统招标文件编写与引进谈判工作，成立了市部级交通产业研究基地，牵头完成了“客运专线营运管理体制”等的研究，为铁路跨越式发展提供理论支持、技术支持、人才支持。
科研经费逐年大幅增加，“十五”期间科研合同经费较“九五”期间增长了150%，纵向项目经费比例超过50%；三大检索数同期增长197%，2006年在全国高校SCI排名第39位，EI第35位，ISTP第11位。2005年，国家自然基金委和铁道部设立了“铁道联合基金”，北京市在该校设立了“北京市城市交通技术转移中心”和“北京交通发展研究基地”人文社科基地。近几年来，该校“世界第一高隧——青藏铁路多年冻土带风火山隧道施工技术”、“计算机信息安全防护技术”研究等3项项目成果获得国家科技进步二等奖；“无水砂卵石地层盾构施工关键技术研究”和由该校主持完成、拥有自主知识产权的BJTU IPV6无线/移动路由器获得北京市科学技术奖一等奖；IPV6无线/移动路由器还被列入2006年国家产业化项目；“基于通信城轨列车控制系统（CBTC）”取得关键技术研究的突破，填补了国内空白，形成了国内首例具有自主知识产权的“基于通信的列车运行控制系统”，已经在北京亦庄城轨线采用该系统。主持或参与北京奥运相关项目40余项。“北京交通发展研究报告”为北京市政府综合交通科学决策提供依据和参考。学校加强了与地方、铁路企业间长期、稳定的产学研合作关系。2005年联合国科教文组织在中国设立的“高等工科教育与产业合作教席”设在该校。市委教育工委、市教委依托该校建立了大学生思想政治教育研究的专门机构--首都大学生思想政治教育研究中心。一年一度的“北京·中国交通论坛”已形成独特的“品牌”。北京交通大学科技园2001年成为北京市市级大学科技园以来，在轨道交通产学研领域取得了明显成果。
