有个比较重要的事实是，北京医科大学，就是北京大学医学部的前身。所以这两者无所谓比较了。
我想你想问的，应该是指临床专业吧。就这个专业而言，协和大学跟北京大学医学部是难以说谁更强的，在国内可以说就是鳌头，这两所学校所培养的临床学生，都是非常好的。但是两个学校的培养模式不一样，协和的学生目前还在清华学2年的基础课，也就是非医学类的专业课，之后才回到协和学习医学；而北医，也就是北京大学医学部，临床学生只在北大本部学1年基础课程，之后学2年医学基础课，后面的5年都在医院接受教育。至于中国医科大学，它不在北京，在辽宁沈阳，地理区位上就不占优势。目前就临床专业而言，已经在国内排到了10名左右。
如果想要问别的专业，比如药学，预防医学等等，北医无疑是三个学校中最好的。因为它的医学教育体系是最为全面，且最为完善的，药学、预防医学、基础医学都是全国最前列的。
