1910年，大学成立之初设文、理、教育三科，开哲学、英文、中文、历史、经济学、物理、化学、生物、解剖学、教育学等课程。1913年设医科，1914年设牙科；1927～1928年医牙两科合并为 8年制医牙学院。1933年华西协合大学正式立案后，分设文、理、医牙三学院。1920年后大学逐渐向少数优秀毕业生同时授予华西协和大学和美国纽约州立大学医学博士学位，1934年后者正式接受华西协和大学为兄弟校，授予医牙学院毕业生医学博士和牙学博士学位，授予文学院和理学院毕业生文学士和理学士学位，发给文凭。1914-1949年期间共招收博士研究生682人，硕士研究生16人，其中授予博士学位592人，硕士学位6人。
