南开大学深圳金融工程学院建立之初定位相当高：“国内首家金融工程学院，重点培养金融分析、金融工程、国际金融等专业领域的前沿人才，填补我国在金融工程硕士和博士培养领域的空白。”在师资方面聘请著名经济学家、诺贝尔经济学奖获得者蒙代尔教授，著名经济学家、中国证监会前主席刘鸿儒教授同时受聘为该学院的名誉院长。
按照当时的规划，学院将争取在5年内达到在校生3000人的规模。当年南开大学先在校本部招收了第一批共108名金融工程硕士研究生，并计划将在深圳的学院建成以后，全部迁入该学院。
当年深圳市政府也对此给予了很大的期望，但由于学校理念与政府愿望、想法无法融合，深圳市政府当年的投资也无法实现回报，最终导致双方的合作破裂。
深圳市金融办主任李林表示，深圳市与南开进行合作，前后花了一年多的时间来谈判，还专门邀请台湾金融研究院参与研究，方案都做出来了，但要提交给市政府常务会议来讨论之际，南开方面却主动撤了，对此他也感到十分遗憾。
除了资金与优惠政策外，当年深圳市政府还专门拿出了一块地，准备兴建该学院。深圳已经规划出大学城东校区作为南开大学用地，国土局甚至完成了学院15万平方米征地拆迁工作，办理了土地移交手续。
深圳市已收回了所有的优惠政策，包括那一块土地。2010年由南方科技大学接收。
