它们的区别是专业学位一般指有专门职业要求的研究生教育学位，主要培养有特定职业背景的高级专门人才，而科学学位是全日制的，也有一些学校允许在职攻读。
专业学位一般指有专门职业要求的研究生教育学位，区别于侧重理论和研究的学术型学位，主要培养有特定职业背景的高级专门人才。目前我国主要在硕士层次设置专业学位，经批准已经在工商管理、公共管理、教育、法律等39个学科，举办专业硕士学位教育，2009年招收的学生范围扩展到应届本科毕业生。
科学学位是进行理论研究，以撰写理论研究论文为主的，并通过论文答辩被授予的学位，可以全日制也可以在职攻读。科学硕士学位认可度高，在职专业硕士学位给用人单位的印象就像成人高考一样，全日制专业学位和科学学位在能力和就业方面认可度较高，和科学学位区别不大。
