在今后的农业综合开发实践中，农业综合开发工作要围绕一个中心、两条主线，三个创新来开展。
一个中心，就是现代农业建设，农业是基础产业，没有农业的现代化就没有经济发展的现代化。
两条主线，就是以建设高标准农田建设为主线，切实加强农业基础设施建设，提高农业生产条件 ；以发展农业产业化、规模化为主线，转变农业发展方式，全面提升农业经济质量。
三个创新就是创新资金管理规模，进一步提高项目资金效益和安全 ；创新项目管理模式，进一步提高项目管理水平；创新项目规划模式，实现土地治理项目和产业化经营项目的有机结合，实现土地治理项目与新农村建设的有机结合。
实现四个转变 ：由传统的农业综合开发理念向现代农业的综合开发转变 ；向以人为本，因地制宜规划项目转变 ；向生态农业、可持续农业转变。
由单纯追求经济效益向经济效益、社会效益、生态效益共同提高转变。
在已经组织实施的省市县三级《党政机构改革方案》和承担行政职能的事业单位《改革方案》中，明确将农业综合开发办公室整合到农业农村局，撤销单独设立的农业综合开发办公室，和农业农村局合署办公，或者成为农业农村局的内设科室、股室。
最早进行的部委党政机构改革中，也是将原财政部的农业综合开发项目管理职能整合到农业农村部，省市县改革，实现了全国上下相关职能对应统一，有利于农业综合开展项目管理和监督。
县级农业综合开发办公室基本都是参公事业单位设置，按照“编随事走、人随编走”的原则，原农业综合开发办公室基本上都是连人带编，随职能整合到农业农村局。
部分参公人员，可随职能整合到农业农村局机关，使用行政编制，过渡为公务员身份。
由于行政编制短缺，大部分人员，只能保留参公身份与待遇，分流到其他事业单位，包括保留在财政局下属事业单位，或者整合到农业农村局下属事业单位。
