新校园位於青洲圣若瑟教区中学校本部原址，占地面积约1.5公顷，建筑预算为三亿五千万元，预计可容纳二千多名学生。
主体工程已於2009年12月动工，当中包括兴建一幢主体呈U型的七层高教学大楼、表演礼堂图书馆及可提供200个电单车及私家车位的停车场。新校园同时会加入环保元素，如在大楼顶层安装太阳能收集板，为图书馆及部分场地提供电源。
2007年9月15日，原圣若瑟教区中学校本部开始拆卸工程。校方於当日3时举行告别仪式。日後就读於该校的学生将可以免试直升至大学。
2009年12月16日，圣若瑟大学暨圣若瑟教区中学(高中部)新校园正式动工，校方预计建筑工程会在2年内完成。
