1994年，邓肯进入维克森林大学心理学专业就读，在大学期间继续打篮球，邓肯在维克森林大学的首场比赛对手是阿拉斯加大学，比赛中邓肯一分未得。此后，邓肯开始了高强度的自我训练。
邓肯在大学二年级时，一场对阵华莱士的比赛中，邓肯独得25分。而杰里·韦斯特认定邓肯将会成为1995年NBA的新秀状元，但是邓肯最终选择留在大学直至毕业。此后两年，邓肯得到了大量的锻炼机会，造就了其的进攻实力，并且三次成为大西洋海岸最佳大学篮球运动员。。
1997年，邓肯场均得分达20.8分，场均篮板达14.7个并赢得NCAA的约翰壶特大奖。成为了维克森林大学的 最佳运动员。邓肯是NCAA的历史上第十个在大学期间同时获得超过2000分和1500个篮板的篮球运动员，也成为第一个同时达到1500分、1000个 篮板、400个盖帽和200个助攻的篮球运动员。
