武汉大学和中山大学都是985、副部级全国重点大学，国内排名不分上下，都很好。另外，具体到专业，两校互有优势。医学专业，中山大学比武汉大学好很多。工科专业，武汉大学比中山大学好很多。
武汉大学的优势学科主要是：理论经济学、生物学、水利工程、测绘科学与技术、图书馆、情报与档案管理，这些都是国家重点一级学科。还有马克思主义哲学、中国哲学、金融学、环境与资源保护法学、国际法学、马克思主义基本原理、中国现当代文学、中国古代史、世界史、基础数学、凝聚态物理、无线电物理、分析化学、地图学与地理信息系统（地理学下二级学科）、计算机软件与理论、口腔基础医学、社会保障，这些是国家重点二级学科。
中山大学的优势学科主要是：生物学、工商管理，这两个是国家重点一级学科。还有逻辑学、马克思主义哲学、人类学、思想政治教育、中国古代文学、英语语言文学、中国古代史、中国近现代史、基础数学、凝聚态物理、无机化学、高分子化学与物理、人文地理学、药理学、内科学（内分泌与代谢病）、内科学（肾病）、神经病学、外科学（普外）、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、卫生毒理学、行政管理，这些都是国家重点二级学科。
