沪通铁路最新的设计方案已经不路过海门。沪通铁路于2013年3月已经正式启动。
原来的沪通铁路设计方案中，采用苏通公路大桥下游桥隧穿越长江方案，根据这个方案，沪通铁路将经过海门。
2010年以后，原来的铁道部与交通运输部达成共识，为充分利用过江资源，同时保证铁路与航道安全，在规划的锡通过江通道上建设沪通铁路长江大桥，并形成综合性过江通道。为了适应铁路建设投资的新格局，沪通铁路的设计与投资在悄然中作了重大调整。改为从南通市区西侧的沪通铁路长江大桥过江。大桥从南通捕鱼港下游约200m处登陆。
根据修改后的方案，南通市将设有平东站、南通西站两站，不再路过海门。
