为配合澳门政权移交过渡期的人力资源需求，1988年澳门基金会收购东亚大学并进行重组，设立文学院、工商管理学院、社会及人文科学学院和科技学院，将三年制课程改为四年制；随后，又设立法学院和教育学院。教学语言仍以英语为主。
1991年，东亚大学转为澳门大学，原东亚大学理工学院和公开学院分别独立为澳门理工学院和澳门城市大学（原亚洲(澳门)国际公开大学 ），澳门高等教育体系初步形成 。1991年制定新大学章程，东亚大学正式改名为公立澳门大学，并以培养澳门人才为目标 。大学重组后，提升为本科层次高校，并保留一批专科层次专业，学生人数急剧上升，由最初的数百人升至目前的五千多人，而澳门本地学生的比重也由建校时所占的39%增至目前的90%。
