一、京都大学（37位）
简称京大，本部位于日本京都市左京区。在科学研究方面，作为日本近畿地区最高学府的京都大学，其培育出的人才和成果可以说是享誉世界，因而被誉为“科学家的摇篮”。
二、东京大学（39位）
简称东大，本部位于日本东京都文京区。作为日本最高学术殿堂和帝国大学之首，其在全球享有极高的声誉。东大诞生于1877年，初设法学、理学、文学、医学四个学部，是日本第一所国立大学，也是亚洲最早的西制大学之一。
三、东京工业大学（55位）
简称东工大，校本部位于东京都目黑区，以工程技术与自然科学研究为主的日本顶尖、世界一流的理工科大学。现在，东京工业大学共有3个学部、6个研究科，另外还包括资源化学研究所、精密工学研究所等150 余个校内共同教育研究设施。
四、大阪大学（57位）
简称阪大，本部位于日本大阪府吹田市。目前，大阪大学拥有11个学院、15个研究科的研究生院、5个研究所和众多的附属科研机构。作为一所有着悠久历史的日本旧帝国大学，大阪大学三个校区位于大阪府吹田市、丰中市、箕面市，紧靠日本经济中心和国际开放门户、全国第二大城市的大阪市，有着优越的与世界顶级科研机构进行学术交流的优势。
五、东北大学（71位）
简称东北大，位于日本东北地区仙台市。是继东京帝国大学、京都帝国大学之后的第3所旧制帝国大学。截至2014年5月，东北大学占地面积22263317平方米，其中建筑面积1109478平方米;下辖10个学部、18个大学院。
