学校有新老两个校区，老校区位于伊斯兰堡市费萨尔清真寺，该清真寺是由土耳其建筑师Vedat Dalokay设计。它由沙特阿拉伯国王费萨尔捐献给了大学。该清真寺是巴基斯坦最大的清真寺之一，大殿能够容纳数万人。 新校区占地(2.8平方千米)位于伊斯兰堡市的H-10区。新校区的第一阶段已于2013年建设完成。 2006年，中央图书馆和林肯角落的建设已经完成。这所大学的基础设施包括六个教学楼（三栋为女生教学楼，三栋为男生教学楼）。该大学的学生宿舍包括四个女生宿舍楼和七个男性宿舍楼。
巴基斯坦国际伊斯兰大学作为一所综合性的高等学院，不仅为在校学生提供了良好 的学习环境，而且还提供了比较完善的服务设施，大学校园内有邮局 ,银行,理发店,宿舍,食堂,商店和免费医疗保健中心。
