早稻田大学现有9个学部：政治经济学部（政治、经济），法学部，第一文学部（文、史、哲），第二文学部（美术、文艺、东西方文化），教育学部（教育学、英语、国语、社会学、心理学），商学部，理工学部（理学、工学等共13个学科），社会科学部（夜间制），人间科学部（人基础科学、人类健康、体育科学）。
研究生院包括8个研究科：政治学研究科、经济学研究科、法学研究科、文学研究科、商学研究科、理工学研究科、教育学科研究科、人间科学研究。12个研究中心和研究所：社会科学研究所、语言教育研究所、产业经营研究所、现代政治经济研究所、人间综合研究中心、日语教育研究中心、情报科学教育研究中心、环境保护中心等，它们为教学、研究合二为一的单位，聘有专职教员，开设固定课程。
9个本科生院系包括：政治科学和经济系、文学系、教育系、科学与工程系、人文科学系、法律系、文学系、贸易系、社会科学系。开设研究生课程的院系有10个，包括政治科学系、法律系、商业系、教育系、人文科学系、经济系、文学系、理工科系、社会科学系、亚太研究系。
在早稻田大学的学部系科中，大多数是传统学科，几乎所有系科都能招收研究生，其中尤以政治经济学部、文学部、理工学部最为有名。政治经济部历史最为悠久，它是该校前身东京专门学校时就有的学科。在早稻田大学的发展壮大过程中，政治经济学部学术成就辉煌，学子层出不穷，仅在政界，该学部的毕业生中就涌现了日本参众议员90余人，这样的业绩在世界大学中是罕见的。文学部的前身是东京专门学校时期坪内逍遥博士等人创建的文学科，后成为早稻田大学的文学部。1949年大学改制，为区别于夜间制与日间制而分为第一、二文学部。现文学部分哲学、史学和文学3个系，各种专业19个，拥有900多个授课班级课。理工学部是该校最大的学部，它亦起源于东京专门学校。现在共有13个系，已有毕业生6万余名。早稻田大学理工学部早在1964年就开始了对机器人的研究，在纪念德国古典音乐家巴赫200周年时，早大研究的机器人演奏了巴赫的乐章，大获成功，并引起各国科学家的兴趣和注意。另外，早稻田大学在建校100周年时建立的一个适应世界潮流的全新学部——人际科学部 。
