爱丁堡大学总体上分为三大学院（College）及其下属的20 个小学院（School）。
三大学院（College）为：
人文与社会科学学院（College of Humanities & Social Science）
科学与工程科学学院（College of Science & Engineering）
医学与兽医科学学院（College of Medicine & Veterinary Medicine） 下属 11 个小学院（School），分别为：
商学院（Business School）
神学院（School of Divinity）
经济学院（School of Economics）
艺术学院（Edinburgh College of Art）
社会健康科学学院（School of Health in Social Science）
历史、古典和考古学院（School of History, Classics and Archaeology）
法学院（Law School）
文学、语言和文化学院（School of Literatures, Languages and Cultures）
莫雷·豪斯教育学院（Moray House School of Education）
哲学、心理学和语言科学学院（School of Philosophy, Psychology and Language Science）
社会和政治科学学院（School of Social and Political Science） 下属 7 个小学院（School），为别为：
生物科学学院（School of Biological Sciences）
化学学院（School of Chemistry）
工程学院（School of Engineering）
地理科学学院（School of GeoSciences）
信息学院（School of Informatics）
数学学院（School of Mathematics）
物理和天文学院（School of Physics and Astronomy） 下属 2 个小学院（School），为别为：
爱丁堡医学院（Edinburgh Medical School）
皇家（狄克）兽医研究院（Royal (Dick) School of Veterinary Studies）
