该市于1703年由俄国沙皇彼得一世下 令建造，由该城的第一座建筑物——扼守涅瓦河河口的圣彼得保罗要塞命名。城名直接译百自德文“Sankt Peterburg”。1914年，第一次世界大战爆发后，俄国出现反日耳曼情绪，沙皇政府遂将圣彼得堡改名为彼得格勒。其后苏联成立，度为纪念领导者列宁于十月革命时曾于该市发动革命，于1924年列宁逝世后，将市名改为列宁格勒。1991年苏联解体后，经市民投票，恢复圣问彼得堡的旧名。
（注：“格勒”是俄语中“城市”的意思。）
圣彼得堡与欧洲其他城市最大差别在于，所有欧洲首都名称均为一个字 ，并且仅答拥有一个含义；然而圣彼得堡的名称却来自于三个不同的起源：“圣”— 源自于拉丁文，意味“神圣的”，“彼得”— 使徒之名，在希腊语上解释为“石头”，“堡”— 在德语或者荷兰语中称为“城市”；如此一来，圣彼得堡专的名称不但和彼得大帝之名互相吻合，并且同时说明者，这个年轻的城市蕴含着不凡的文化背景来源。它不但沿袭了德国及荷兰的文化传统，并且城市的象征意义和以圣徒彼得为守护神的古属罗马紧紧相关。有趣的是，甚至圣彼得堡市徽——一个左右交叉的海锚，也类似罗马梵蒂冈的徽章。
