燕京大学建立于1919年，其前身是美国教会在北京一带办的三所教会学校：
汇文大学（Peking University，美以美会，1889－；崇内怀理书院，1870）。校长刘海澜博士（Hiram Harrison Lowry)，在崇文门7a64e58685e5aeb931333231386638船板胡同的校址后来改办汇文中学
华北协和女子大学（贝满女塾，1864－）灯市口东口的佟府夹道胡同。(校址后来改办贝满女中)
通州协和大学（公理会潞河书院，1867－）。谢卫楼(Davelle Sheffield)校长
这时，正在南京金陵神学院任教的司徒雷登被任命为新成立的燕京大学的校长。1921年校长司徒雷登获得美国著名出版商亨利·卢斯及美铝公司创办人Charles Martin Hall的捐款，在北京西郊购买了数处前清亲王赐园，聘请建筑设计师墨菲进行总体规划，建造了近代中国规模最大、质量最高、环境最优美的一所校园。1926年，正式迁址。
燕京大学下有神学院、法学院、医学院（又称医预院，学制为三年预科），以及文科和理科相关专业学系。
1952年与清华大学文科院系等并入北京大学，燕京大学校址“燕园”成为院系调整后的北京大学校园。
中华人民共和国成立后，政府于1952年对高等院校进行院系调整，清华大学、燕京大学的文理科并入北京大学，北京大学工学院机、电、土、建4系合并到清华大学，化工系合并到天津大学，农学院、医学院、政法专业等脱离北京大学，或组建成新的高等院校，或并入其他相关院校。院系调整后的北京大学迁校址于原燕京大学校址，成为一所以文理基础教学和研究为主的综合性大学，为中国各行业培养了大批人才。
