伊斯兰堡国际伊斯兰大学奠基于1980年11月11日〔伊斯兰历15世纪的第一天〕。接受沙特阿拉知伯及伊斯兰世界联盟的资助。于1985年竣工，该校独立办学，不隶属巴基斯坦教育部。其权力机构为最高会议，由17人组成，主席和副主席分别由巴基斯坦总统和伊斯兰世界联盟秘书长担任，成员中除7名为巴基斯坦人外，其他分别是麦加大学、利雅得大学、开道罗大学、爱资哈尔大学、马来西亚及麦地那国际伊斯兰大学等校校长和科威特及摩洛哥国际伊斯兰教科文基金组织负责人等。
巴基斯坦国际伊斯兰大学虽然是一所伊斯兰大学，但它的学制仍受英国教育模式的影专响。自1985年重新命名后，巴基斯坦国际伊斯兰大学便采用西方的学分制，并沿用伊斯兰教“有教无类、学术自由”的制度。入学的学生除了学完所选的专业课程外，还要必修大学规定的公共课。大学的学位参照欧美国家高等教育惯例，实行学位制，根据不同学科的学分，最低学位是学士学位，此外获得学士学位的学生还可以申请硕士和博士学位，该校学位被世界各国教育部门承认。
这所新时代的国际性伊斯兰大学发生了日新月异的变化，出色地担当起了国际伊斯兰文化属教育的重任。
