1998年被国务院学位委员会批准为哲学一级学科博士点，在哲学的全部8个二级学科（马克思百主义哲学、中国哲学、外国哲学、逻辑学、伦理学、美学、宗教学、科学技术哲学）招收博士和硕士研究生度。1999年经教育部批准设立哲学问学科博士后流动站。
2002年，马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、美学等四个学科被评为国家重点学答科。
由于学科发展的需要，1995年9月宗教学由原来与哲学、逻辑学并列的专业独立成系。按照一种新的办学模式，宗专教学系与哲学系联体运作，以求协力发展。
北京大学哲学系对20世纪属中国哲学的发展起了重大的推动作用，并且还将在21世纪对人类文明继续作出应有的贡献。
