16世纪大人文学者伊拉斯谟在鲁汶大学执教，并于1517年创建了三语学院，研究希伯来文、拉丁文与希腊文，使鲁汶大学成为当时欧洲人文主义研究的中心。富有改革精神的教皇艾德里 安六世也曾是鲁汶的教授。哲学家利普修斯也曾在这里执教过很多年。鲁汶大学的科学传统源于数学家弗里西斯，他培养了很多科学家，如地图学者墨卡托，他的绘制地图方法至今仍在使用；植物学家多多e79fa5e98193e58685e5aeb931333361303564恩斯和现代解剖学之父维萨留斯也在鲁汶学习或执教过。
鲁汶大学初建时，适逢比利时国运昌隆，大学发展迅速。但随后比利时先后经历西班牙帝国、奥地利、法兰西帝国、荷兰王国的统治。在西班牙统治时期，在今荷兰南部和比利时佛拉芒地区爆发了尼德兰宗教战争，鲁汶大学因战火遭到严重破坏。奥地利统治时期，教育体制受奥地利的深刻影响，体制较为僵硬。 由于比利时王国地处西欧心脏地带，历代均为交通要冲和兵家必争之地，第一次世界大战和第二次世界大战中，比利时都未能幸免，被德国二度占领，鲁汶大学亦经历浩劫，其中著名的图书馆两次被焚为灰烬。第二次世界大战后才得以重建。
1915年的鲁汶1797年，天主教鲁汶大学被法国政府关闭，直到1834年才恢复教学。进入现代以来，由于比利时处于德法之间，使得鲁汶大学饱受战争之苦。1914年，大礼堂和图书馆被德国人烧毁，三十万册书籍化为灰烬。战后在美国和国际组织资助下，重建了图书馆。不幸的是，二战中图书馆再次被焚。九十万卷书只剩下一万五千卷，整个学校受到极大破坏。二战以后才又重新恢复，学生人数逐年增加。
