莱顿大学拥有超过五十个研究机构，其中有些完全隶属于该校的某个学院，其余则是院际或校际机构。大部分荷兰学者都与其中某些机构相关。下设机构有： ASC 非洲研究中心 CNWS 亚洲、非洲与美洲研究所 CRC 危机研究中心 CTI 语言与认同研究中心 M. Meijers 研究所 法学研究所 Grotius 中心 国际法学研究中心 GSS 莱顿科学研究所 史学研究所 史学研究所 Huizinga 研究所 文化史研究所 IBL 莱顿生物研究所 IIAS 区域研究所 IOPS 心理计量与社会计量学校际研究所 ISED 教育与人力发展研究所 LACDR 莱顿—阿姆斯特丹药物研究中心 LCMBS 莱顿分子生物学中心 LGSAS 莱顿考古学研究所 LIACS 莱顿进阶计算机科学研究所 LIC 莱顿化学研究所 LION 莱顿物理研究所 LISOR 莱顿宗教研究所 LUCL 莱顿大学语言学中心 LUMI 莱顿大学数学研究所 Mediëvistiek 荷兰中世纪研究所 NIG 荷兰管理研究所 NOVA 荷兰天文研究所 W. Posthumus Instituut 荷兰经济暨社会史研究所 OIKOS 国立古典研究所 onderzoekschool Kunstgeschiedenis 荷兰艺术史研究所 OSL 荷兰文学研究所 PALLAS 西方艺术暨文学史研究所 莱顿天文台 莱顿天文台 欧洲研究所 关于欧洲整合领域的法学研究所 Van Vollenhoven 研究所 法律、管理与发展研究所
