社科院和中科院主要有研究方向、成立时间、组成结构等主要方面的差异。
1、研究方向不同。中国科学院为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。中国社会科学院（是中共中央直接领导、国务院直属的中国哲学社会科学研究的最高学术机构和综合研究中心。
2、成立时间不同。中科院成立时间为1949年11月。社科院成立时间为1977年5月7日。
3、组成结构不同。中国社会科学院拥有6大学部，近40个研究院所，10个职能部门，8个直属机构，2个直属公司，180余个非实体研究中心，主管全国性学术社团105个，并代管中国地方志指导小组办公室。中科院设有院机关13个，分院12个，研究单位114个，学校及公共支撑单位7个，其他单位4个，共建单位12个，院直接投资的全资及控股企业22个，四类机构34个，院非法人单元113个，相关组织5个。
