两者之间最突出的不同在于：
以中科院院士为代表的高级科学人才，是在科学技术领域作出系统的、创造性成就的者。
而以工程院院士为代表的高级技术人才，是在工程技术方面作出重大的、创造性成就和贡献的专家。
两者虽都是高级人才，但工作性质不同，成才的影响因素也可能不同。
补充资料：
1、中国科学院院士申报条件 在科学技术领域做出系统的、创造性的成就和重大贡献，热爱祖国，学风正派，具有中国国籍的研究员、教授或同等职称的学者、专家，可被推荐并当选为中国科学院院士。
2、中国工程院院士申报条件 在工程科学技术方面作出重大的、创造性的成就和贡献，热爱祖国，学风正派，具有中国国籍的高级工程师、研究员、教授或具有同等职称的专家（含居住在香港特别行政区和台湾省、澳门地区，以及侨居他国的中国籍专家），可被提名并当选为中国工程院院士。
