系和学院的区别主要在于：从属关系不同、规模不同、功能不同。
一、从属关系不同。
系和学院二者之间是从属关系。学院包含了系属于多个系的集合。一个学院中有很多个系，表示着某个专业方向的综合；而一个系则有很多个专业，表示着某个专业方向的类别。拿机电方向举例，“机电和自动化学院下包含了电气系、机电系、自动化系等”这个例子很清楚地表明了学院与系之间的关系。
二、规模不同。
在规模上，从专业设置数量、学院师生人数，再到设备设施和建筑占地面积，学院总体来说是大于系科的。上世纪80年代以来，一批规模较大、办学水平较高的教学科研型或研究型大学，纷纷由学系改组成为学院，升级的基本条件之一就是对学院规模有一定要求，如招生规模、教师数量和比例、实验室硬件设施、有硕士学科点、国家实验室、毕业生的论文水平和存档情况等，达到一定规模的基础上才可以从系科升级为二级学院。
三、功能及承担的任务不同。
大学的系科主要承担组织教学和人才培养，具体科研项目及实验室建设等任务。当系升级为二级学院后，以学院为主体，其所具有的功能和承担的任务都有了更大的外延，扩展到高层次人才培养、学科建设、科学研究及科技开发等领域，并因涵盖领域的扩大，不断形成交叉学科、边缘学科、新兴学科，通过创新学科，促进社会和经济发展。
