日本大学和大学院主要有以下区别：
1、组织结构不同。
日本的大学就是是一个高等教育机构，与中国的大学定义相同；日本的大学院并不是独立的机构，而一般是大学里面的分支机构，而且大部分是在大学里面不存在行政层面的机构，属于隐形的机构，而这也是日本大学里面进一步学习的机构，其实具体的职能和中国的研究生类似。
2、学制不同。
日本的大学的学制一般为4年，而对于日本大学院的课程设置，一般分博士前期课程2年制，类似中国的硕士研究生阶段，以及博士后期课程，学制一般为3年——5年，类似中国的博士研究生阶段。
材料补充：
日本的大学，指的是受文部科学省管辖的、与学术研究和教育相关的最高机构，一般指的是学部也就是本科生部，是以学校教育法为基础而设置的。学部的修业年限原则上是4年，但也有2、3年长的短期大学，6年制课程学科的医学部医学学科、药学部药学学科，和教育课程相适应。
日本的大学院则一般指的是修士、博士学位的机构，也就相当于是中国的研究生部。也就是说，相比大学，大学院是实践更高层次研究的地方。日本的大学院修士阶段一般两年，博士阶段一般三年。如果在修士阶段之后，还想继续进行研究的话可以申请博士课程。
