莱顿大学没有中央校园；所有建筑散布在城市各处。有些建筑年代非常久远，例如Gravensteen (现为莱顿的国际办公室)；如Lipsius以及Gorlaeus。
莱顿大学共分为7大学院(截至2015年) ，50多个系所，150多个专业与超过100个以上的研究所：
考古学院（Faculty of Archaeology）；
海牙校区（Faculty Campus The Hague）；
人文学院（Humanities）；
法学院（Leiden Law School）；
莱顿医学中心（Leiden University Medical Center）；
科学院（Faculty of Science）；
社会学与行为科学学院（Faculty of Social and Behavioural Sciences）；
其他学院 ：
莱顿大学学院—海牙（Leiden University College The Hague）；
教育学院（School of Education）；
创作及表演艺术学院是由莱顿大学、Royal Conservatory以及Royal Academy for Art合作创建的。该大学没有经济学、商学与管理学院。然而，2002年创立了莱顿管理学校(LUSM)，提供6个专业MBA课程。此课程只维持四年，也就是2006年所有管理课程都被取消。然而莱顿管理学校发展了其他商业管理活动，使得他们与大学内的学院关系更密切。他们与数学学院合作提供理学硕士学位：商业信息通信技术专业。
