留学生有国费生和自费生2种。楼主既然目标是东大，相信成绩是非常好，有实力搏一下清华北大了，那么先在国内试试申请国费留学生！这样你在国内取得的所有成绩都有用。。但是竞争力相信我不说你也知道。
自费生一般是指楼主自己想办法（比如中介）来到了日本，然后参加日本的留学生考试（也就是你说的日本的高考，只不过对象只是留学生，科目是日语和文综或者理综，7月和11月），取得很好的成绩后，在东大开发报名的时候申请，然后根据东大的要求进行东大的考试。这样是不会承认你在国内高中的所有成绩，包括高考。当然托福除外，一般会限制是在近一年取得的托福成绩。
至于推荐，这些在大学入试都不需要，但是大学院（也就是读研究生）就可能用的着了。
没有中介大学入学的，只有中介办理赴日签证。
