俄罗斯远东联邦大学是位于从贝加尔湖到太平洋幅员辽阔的土地上的第一所古典式大学，其历史可以追溯到1899年的10月21日，当时在符拉迪沃斯托克开办了东方学院。1920年，东方学院和一些私人学校合并成了远东国立大学，大学里有三个系：东方系、历史和语言文学系以及社会科学系。
1950年到1990年是远东国立大学蓬勃发展的时期，学校规模扩大了若干倍，并成立了一些新的学术与科研机构。学校开始招收博士生，创办了答辩委员会、生物站、物理技术研究所等机构。2008年，俄罗斯联邦政府决定在远东国立大学的基础上创立远东联邦大学。
2010年10月7日，技术科学博士弗拉基米尔·弗拉基米洛维奇·米克鲁舍夫斯基被任命为远东联邦大学的校长。远东联邦大学的现代发展战略立足于将古典大学结构中的自然科学知识、工程知识和技术与现代的创新信息技术融合在一起。
2010年12月17日，俄罗斯联邦政府总理弗拉基米尔·普京签署了《至2019年远东联邦大学发展纲要》。该纲要的优先发展方向是：国际海洋资源，能源和节能技术，纳米体系工业和纳米材料，物流运输，与亚太国家的经济、技术和文化合作，以及生物医疗技术。
2011年11月27日，俄罗斯教育科学部长签署了《将远东国立大学、远东国立技术大学、太平洋国立经济大学和乌苏里斯克国立师范学院合并为远东联邦大学的命令》。
在校生24000名大学生，500名研究生，大学生、研究生、博士生及其他形式学习的学生总数超过了41000人，拥有教师1598人，其中博士和副博士1058人，教职员工总数达到5000人。
