单就课程而言，金融学和金融工程的最大区别是一个偏研究，一个偏应用。即金融学学习的课程主要是涉及商业银行、证券、保险、国际金融等方面知识的理论，对金融学进行研究；金融工程虽然也要学金融学理论知识，但是它主要是利用各种工具将金融学应用到实践中，在教学中很更注重实践，侧重于衍生金融产品的定价和实际运用，它最关心的是如何利用和创新各种金融工具,如何对金融问题进行优化解决。
但是在实际的学习中，没有人限制你学什么、注重理论学习还是金融工具的实际运用，主要还是看你自己的兴趣和对未来工作的计划。所以，不好比较这两个专业哪个好。
考虑到导师因素，建议先选导师，再选专业。
抛开导师因素，建议选分低的专业，能考上哪个考哪个。
