到2006年托木斯克拥有六所国立大学和两所非国立大学。1878年在托木斯克建立了（1888年招生）西伯利亚地区第一所高等综合性大学——托木斯克国立大学。1886年建立了（1900年招生）西伯利亚地区第一所高等技术研究机构——技术学院（托木斯克理工大学）。其它的一些高校：
西伯利亚国立医科大学
托木斯克国立师范大学
托木斯克国立建筑大学
托木斯克国立系统控制和无线电电子技术大学
托木斯克军医学院
私立大学：
托木斯克经济法律学院
托木斯克商学院
托木斯克东正教神学院
除此之外，在托木斯克还设有十多个其它城市教育机构的分校，在此从事高等教育活动。其中有：
托木斯克农业学院（新西伯利亚农业大学分校）
新西伯利亚水利运输科学院分院
新西伯利亚国家勤务科学院分院
莫斯科国立公开师范大学分校
俄罗斯司法部法令和行政科学院分院
俄罗斯国立新技术和企业家大学分校
俄罗斯司法院分院
莫斯科国立社会大学分校
现代人文大学分校
东方经济、人文、行政和法律学院分校
格梅洛夫斯基国立文化艺术科学院代办处
克拉斯诺雅洛斯基商学院代办处
莫斯科财政法律科学院代办处
2005年高校在校生总人数为86100人，19个中等职业学校的人数为14600人，也就是说，学生人数占城市总人口的1/5，因此托木斯克是全俄学生比例最高的城市之一。同时远程教育正在快速发展中，外国学生的人数也在增加。在这座大学城里工作着882位博士和2727个副博士(硕士)。
