一流大学建设高校和一流学科建设高校的主要区别如下：
1、适用范围不同。一流大学建设高校指整个学校就是一流的；一流学科建设高校指的是一所大学里有的学科在中国是一流的学科，但是学校整体不是一流高校。
2、数量不同。一流大学建设高校数量为42所，而一流学科建设高校的数量为95所。
一流大学建设高校和一流学科建设高校是“双一流”计划的主要内容，该建设计划是中共中央、国务院作出的重大战略决策。
材料补充：
“双一流”建设历史简介：
1、2015年8月18日，中央全面深化改革领导小组会议审议通过《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》；10月24日，国务院印发《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》；对新时期高等教育重点建设做出新部署，将“211工程”、“985工程”及“优势学科创新平台”等重点建设项目，统一纳入世界一流大学和一流学科建设；同年11月，由国务院印发，决定统筹推进建设世界一流大学和一流学科。
2、2017年1月24日，经国务院同意，教育部、财政部、国家发展和改革委员会联合印发《统筹推进世界一流大学和一流学科建设实施办法（暂行）》；9月21日，教育部、财政部、国家发展改革委联合发布《关于公布世界一流大学和一流学科建设高校及建设学科名单的通知》，世界一流大学和一流学科建设高校及建设学科名单正式确认公布；10月18日，习近平总书记在十九大报告中指出，要加快一流大学和一流学科建设；12月底，各高校“双一流”方案陆续公布，方案是各高校围绕“双一流”建设总体目标。
