蜂蜜保存宜放在低温避光处、干燥、清洁、通风、温度保持在5～10℃、空气湿度不超过75%的环境中。干燥、洁净、通风的环境里是防止蜂蜜被串味污染或者处于微生物较多的环境中。因为蜂蜜中含有水分，过度的暴晒，会导致蜂蜜中的部分活性酶和营养物质等都会随着温度和水分发生变质。光照过强会破坏蜂蜜里的维生素B群，维生素在强的光照下会灭活，导致营养成分流失。
蜂蜜需要密封保存，应采用非金属容器,如缸、木捅、无毒塑料桶等进行贮藏，贮藏时要注意蜂蜜在容器中不能过满，容器顶部要留出空隙。蜂蜜具有从空气中吸收水分的能力，蜂蜜吸收过多的水分会使浓度下降，易引起发酵变质。因此，贮存蜂蜜盖严，防止漏气，减少与空气接触，这样能使蜂蜜保存长久。装蜜量以容器的80%为宜。每次取食蜂蜜后，要将容器盖好，以防污染。
