原理：在一定的电场强度下，DNA分子的这种迁移速度，亦即电泳的迁移率，取决于核酸分子本身的大小和构型，分子量较小的DNA分子比分子量较大的DNA分子迁移要快些。这就是应用凝胶电泳技术分离DNA片段的基本原理。
脉冲场凝胶电泳的应用
脉冲场凝胶电泳在生物基因分型、分子流行病学研究、细胞凋亡、追踪传染源、兽医流行病诊断辅助、食品和公共健康及染色体DNA分离等研究中有广泛应用。
追踪传染源
脉冲场凝胶电泳用于评估同一事件中不同来源菌株可能存在的关系，是溯源的有用技术之一。当疫情爆发时， 为了采取有针对性的措施，对该疫情进行合理有效地防控， 需要明确导致疾病爆发的根本原因。脉冲场凝胶电泳技术可以在看上去分散无关系的病例中寻找关键联系，追踪传染源，最终达到预防和控制疾病的目的。
分子分型
目前（2012年），脉冲场凝胶电泳是国内外在分子流行病学研究中被广泛接受的方法之一，被认为是细菌分子生物学技术的“金标准”，与核糖体分型相比较，脉冲场凝胶电泳的分型能力更强。脉冲场凝胶电泳分型技术是现阶段霍乱流行病学调查中使用最普遍的分子分型方法。
分子流行病学研究
脉冲场凝胶电泳技术由于比表型鉴定和Southern杂交技术在区分亚种时更具优势， 所以已经成为分子流行病学研究中最有效的手段。研究表明， 脉冲场凝胶电泳在医院感染爆发流行疾病的鉴定上与PCR指纹图谱分型同样有效，并有着自己独特的优势。
