微生态是指微观系统的生态环境关系，包括分子生态、动植物微观生态（细胞、肠道等等中的微观因素及其相互关系）、遗传尺度上的微观生态（包括DNA之间的关系及其存在的环境、细胞中各组分之间的环境及相互关系等等）等。
微观生态具有相对性也有绝对性。
微生态学是研究正常微生物群的结构、功能及其与宿主相互依赖和相互制约关系的科学，最早由1977年德国VolkerRush提出。经过30年的发展，微生态学研究取得了长远的发展，其中最重要的成果是微生态制剂在临床的广泛应用。
自70 年代德国汉堡成立第一所微生态学研究所起，微生态学逐渐发展成为一门新兴学科而令人瞩目。微生态学是生命科学的分支，作为一门研究生物体正常微生物群与其宿主相互依赖、相互制约规律的科学，它涉及生物体与其内环境（包括微生物、生物化学和生物物理环境)相适应的问题，与人类健康密切相关。人类医学经历了治疗医学和预防医学，正在向保健医学迈进，微生态学则是保健医学的理论和实际应用的基础学科。
