防疫站和疾控中心的区别有职责、成立时间、性质上的不同。
职责：防疫站是食品卫生以及预防疾病的机构，是对各种传染病的控制和检测，并逐渐消灭各种传染病的发展和流行；疫控中心主要开展疾病预防控制、突发公共卫生事件应急、营养健康等工作。
成立时间：防疫站成立于1953年1月26日；疾控中心成立于1983年12月23日。
性质：防疫站由于职能的变化，各级防疫站在2002年开始陆续分离，改名为疾病预防控制中心，2004年基本更名完成，除了少数行业系统中仍保留“防疫站”，其他已不再使用；疾控中心是由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管的实施国家级疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位。
