天然水和纯净水的区别有很多，比如本质上不同、获取的方式不同、饮用的方式不同、特点不同等。
天然水和纯净水在本质上是有区别的，天然水是指地球上一切以自然状态下存在的水源；而纯净水是指经过工业制作，不含有杂质和细菌的水。天然水主要来自于江河湖海，而纯净水是通过电渗析器法、离子交换器法以及蒸馏法等方式加工制得的。
大部分的天然水都是不可以直接饮用的，而纯净水时可以直接饮用的。天然水的特点是含盐量比较低，但容易受到污染，地下水比较纯净，但是其溶解的矿物质较多；而纯净水的特点是纯洁、干净、不含有杂质和细菌。
