漠河主要是寒温带大陆性季风气候，因此，常年气温较低，比较冷。漠河市是中国气温最低的县份，由于大陆及海洋季风交替影响，小气候变化多端，局部气候差异显著。冬季在极地大陆气团控制下，气候寒冷、干燥而漫长;
漠河镇地处北纬53°的中俄界江黑龙江南岸，常年寒冷如冬，夏季只有半个月左右，最高温度也不过20℃，夜里只有10℃左右，而且昼长夜短，白昼可达19小时以上。
漠河市年平均气温在-5.5℃。各月平均气温在0℃以下的月份长达8个月之久。气温年较差为49.3℃。平均无霜期为86.2天。
年平均降水量为460.8毫米，全年降水量70%以上集中在7月份。5-6月份为旱季，7-8月份为汛期。
