两者唯一的区别：花甲是蛤蜊的一种。蛤蜊，又叫蛤蛎，也称为蛤、文蛤、西施舌、蚌、花甲，是双壳纲软体动物的统称，其中某些种类可以食用。
即蛤蜊是多种可食贝类的统称。比如白蛤也是蛤蜊的一种，但花纹就和花甲不同。花甲属于横纹，而白蛤的花纹是和贝壳形状类似的环形，同时贝壳成近四角型，两边膨胀，顶壳外凸，并且甲壳的顶部呈白色，开口部位有黄褐色圈。
也就是说，花甲是蛤蜊中的一个品种，为蛤蜊科动物四角蛤蜊或其他各种蛤蜊的肉，产我国沿海一带。
总的来说：花甲是蛤蜊，但蛤蜊不等同于花甲。蛤蜊是统称。但是，花甲就是花蛤。
