1、报考条件不同
自考本科对年龄、学历、种族、民族、居住地、身体健康状况等都没有特殊要求，只需要取得国家承认的专科学历证书即可。自考本科适合的考生主要有在校专科生或正在参加成考、网络教育和电大的社会考生。
而普通专升本分为两种，主要针对统招全日制专科大三学生，已经毕业的专科生是无法报考的。
2、学习方式不同
自考是采取自学为主、社会助学为辅的教育形式。需要注意的是，自考就是自学考试，不能称之为全日制。如果普通专升本考试成功，会被本科院校所录取，想要获得学历和学位证书，必须经过长达2年的全日制学习。
3、拿证时间不同
自考本科生只需按照考试计划通过自考，一般只需要2—3年。普通专升本是在全日制专科三年毕业后，必须再读两年本科，所以拿到本科证至少需要5年时间。
4、学历方面不同
自考本科毕业后第一学历不是本科，普通专升本为国家统招计划普通全日制学历，考生本科毕业后，可被视为第一学历，但在本科毕业证上会注明是专科起点本科。
