西藏自古以来都是中国的固有领土。但中央政府，却一直难以对其进行有效的管理，直到金瓶掣签这项制度的出现。乾隆五十年，福康安率兵入藏，从日喀则，一路打到了加德满都城下。
借此兵威，乾隆派人与僧俗要员商议，要对大家族垄断活佛转世灵童的弊端，进行改革。最后经过商议，决定由皇帝赐一金瓶，将灵童的名字及出生年月，写于签牌上，放进瓶内，然后由各现任活佛和驻藏大臣在大昭寺抽签选定活佛转世。最后掣签的结果上奏皇帝，得到皇帝批准后，才算完成金瓶掣签的全部程序。
金瓶掣签制度，对当时的西藏地区产生了巨大的影响，意义深远。中央借此树立了权威，赢得了藏地民心。此后，无论是中华民国蒙藏委员会1936年颁布的《喇嘛转世办法》，还是中华人民共和国制定的《藏传佛教活佛转世管理办法》都明确承袭了金瓶掣签制度。
