明末清初三大思想家是分别是王夫之、顾炎武和黄宗羲。
1、王夫之(1619-1692)，字而农，号姜斋，湖南衡阳人；晚年隐居衡阳的石船山麓，世称船山先生。明亡，他在衡阳起兵抗清，败后退至广东肇庆，在南明桂王政府中任职；桂林失陷后，长期隐藏在湘西地区的苗瑶山洞，自称瑶人。直到康熙八年(1669)才在石船山麓定居下来。他刻苦钻研，勤于著述，著作有一百余种，主要有《周易外传》、《张子正蒙注》、《思问录》、《黄书》、《噩梦》和《通读鉴论》等。后人集为《船山遗书》。
2、顾炎武(1613-1682)，本名顾绛，字宁人，人称亭林先生，江苏昆山亭林镇人。少年时参加“复社”反宦官权贵斗争。清兵南下，嗣母王氏殉国。他参加昆山、嘉定一带的抗清起义。失败后，十谒明陵，遍游华北，所至访问风俗，搜集材料，特别注重对边防和西北地理的研究。同时垦荒种地，联络同道，不忘兴复。晚年居住华阴，死于山西曲沃。他学问渊博，对国家典制、郡邑掌故、天文仪象、河漕、兵农以及经史百家、音韵训诂之学，都很有研究。他一生的著作很多，主要著作有《日知录》、《天下郡国利病书》、《音学五书》、《亭林诗文集》等。
3、黄宗羲(1610-1695)，字太冲，号梨洲，又号南雷，人称梨洲先生。浙江余姚人。思想家、史学家。父东林名士，为魏忠贤所害。他受遗命就学于刘宗周，19岁入都为父讼冤，以铁椎毙仇人。领导复社成员坚持反宦官权贵斗争。清兵南下，他召募义兵，成立“世忠营”抗清。明亡后隐居著述，屡拒清廷征召。学问渊博，研究天文、算术、乐律、经史百家及释道之书，史学上尤有成就。著作有《宋元学案》、《明儒学案》、《明夷待访录》、《南雷文集》等。
明清之际，清王朝取代明王朝，这种"天崩地裂"的社会大动荡深深刺激着黄宗羲、顾炎武和王夫之等士大夫，他们纷纷著书立说，反思明朝灭亡。以前所未有的深刻程度抨击君主专制，主张限制君权，批判"心性空谈"的理学，提倡经世致用，成为中国近代进步思想的先声。
