代开的发票可以申请退回，已缴纳税款可以申请退还或在下期抵缴，具体处理办法可以参考当地规定。
国家税务总局关于国家税务局为小规模纳税人代开发票及税款征收有关问题的通知》(国税发〔2005〕18号)第四条规定：
主管国税局为纳税人代开的发票作废或销货退回按现行规定开具红字发票时，由主管国税局退还或在下期抵缴已征收的增值税，由主管地税局退还已征收的城市维护建设税和教育费附加或者委托主管国税局在下期抵缴已征收的城市维护建设税和教育费附加，具体退税办法按《国家税务总局、中国人民银行、财政部关于现金退税问题的紧急通知》(国税发〔2004〕47号)执行。
例：山东省地方税务局：
(一)未进行账务处理的，代开申请人应填写《发票代开作废申请表》，将需作废发票的所有联次缴还地方税务机关，地方税务机关将所有联次装订在一起，并注明“作废”字样。
需要重新开具的，重新开具的发票应与第一次申请开具时的项目、金额等内容保持一致，否则视为发生其他应税劳务，需另外申请代开发票。
(二)已经进行账务处理的：
1.发票联、记账联无法退回的，代开申请人应当提供受票方有关业务变更证明，并经受票方所在地主管税务机关确认后，和其余联次一起缴回税务机关，地方税务机关审核后，代为开具负数发票;
2.发票联能退回但记账联无法退回的，代开申请人可凭原发票的发票联和其余联次向主管地方税务机关申请代开负数发票。
