1、定义不同。一般来说，关门弟子指的是师父收的最后一名弟子，此后会收山，不再收直传弟子，而是由弟子去收弟子，也被称为在再传弟子。在过去的时候，师父会自己收养徒弟，而弟子会住到师父的家里，由师父出钱教养，将徒弟当成家人，因此也被称为“入室弟子”。
2、身份不同。关门弟子是师父最钟爱的弟子，因此他的地位在一众弟子当中最为特殊，关门弟子的地位在一众师兄弟中仅次于大弟子，而入室弟子也有别于一般弟子，属于嫡系，是师父比较亲密的亲传弟子，有单独的拜师礼仪。
3、传授手段不同。关门弟子不一定是得意门生，他虽然被师父疼爱，甚至授予真传，但是师父领进门，修行在个人，最后能不能做出一番成就还是靠他自己，因此他不一定是得意门生。而入室弟子往往在个人品行、学习态度、领悟能力上都符合足以承载师传记忆的水平，他相当于是师父的继承者。
